Faire un donEpidemium est un programme de recherche scientifique collaboratif et ouvert à tous dont l’ambition est d’explorer le potentiel des big data en épidémiologie du cancer. Initié par une collaboration inédite entre le laboratoire communautaire La Paillasse et le laboratoire Roche, Epidemium propose une série de challenges autour de jeux de données ouverts. Wikimédia France soutient ce projet novateur, et un partenariat a été signé avant l’été 2015.
Nous avons souhaité donner la parole à l’équipe de ce projet ambitieux : Olivier de Fresnoye, membre de Wikimédia France, Ozanne Tauvel-Mocquet, Mehdi Benchoufi et Karine Levy-Heidmann.
Epidemium est un projet de recherche collaboratif, quelles forces cela donne-t-il au projet ?
Cela donne la force de l’intelligence collective : une dynamique globale, pluridisciplinaire, collaborative et participative. Chacun peut contribuer à sa manière avec des niveaux d’engagement différents, selon ses compétences et son temps disponible. Chaque participant peut soit proposer un projet et réunir une équipe pour le réaliser, soit rejoindre une équipe déjà existante pour y apporter ses compétences, soit apporter son expertise de manière plus ponctuelle auprès de projets qui en auraient besoin. Cette liberté propre aux projets collaboratifs doit rendre plus accessibles les questions de recherche et proposer de nouvelles perspectives, insuffler un nouvel élan.
Vous abordez une thématique de recherche scientifique, l’épidémiologie du cancer, avec une approche “big data driven”, qu’est-ce que cela veut dire concrètement ? En quoi cela peut-il favoriser la recherche ?
Concrètement, il existe aujourd’hui une masse importante de données ouvertes (open data) qui sont disponibles et librement exploitables. Par ailleurs, nous disposons des outils technologiques nécessaires pour les agréger et les croiser afin d’en tirer des modèles, des analyses… A nous donc, matière grise, de les exploiter maintenant au mieux pour multiplier les pistes de recherche et ouvrir de nouvelles voies de compréhension des facteurs influant sur le cancer. Par exemple, il serait intéressant de mieux comprendre le lien entre changement climatique et cancer. Les facteurs d’influence sont potentiellement nombreux et complexes, et c’est grâce à l’étude de cette immense masse de données ouvertes que l’on pourra – peut-être ! – en tirer des conclusions concrètes.
Vous proposez une série de challenges dans les mois qui viennent, quelles formes prendront ces challenges ? A qui s’adressent-ils ?
Ces challenges s’adressent à tous ceux qui s’intéressent, d’un côté au potentiel d’utilisation du big data et des outils de data science, et de l’autre aux enjeux posés par la lutte contre le cancer. Notre volonté est de rendre la recherche accessible à tous ceux qui s’y intéressent mais n’ont pas véritablement eu l’occasion de travailler dessus en raison de son cloisonnement.
Concrètement, les quatre challenges proposés sont énoncés sous forme de thématiques de travail. Nous avons souhaité définir ces challenges de telle manière que chaque projet puisse trouver sa place dans le Challenge4Cancer, tout en visant un objectif de résultat concret.
Comment vous est venue l’idée d’associer Wikimédia France à cette démarche ?
Le soutien de Wikimedia France est important car nous partageons une vision d’ouverture des données et de travail sous licence libre de droit. Nous œuvrons dans le même sens, pour une diffusion libre des connaissances qui doit permettre l’émergence de projets d’innovation offrant de nouvelles perspectives. Cédric Villani, membre du conseil scientifique de Wikimédia France, fait d’ailleurs partie de notre comité d’éthique !
Comment les wikimédiens peuvent-ils vous aider sur le projet ?
Les wikimédiens peuvent s’inscrire pour participer tout au long des 6 mois du programme. Le lancement du Challenge4Cancer a lieu le 5 novembre mais cela ne signifie pas la fermeture des inscriptions : nous souhaitons mobiliser sur le long terme et permettre à chacun de prendre le train en marche – de lancer son projet, rejoindre une équipe ou simplement contribuer – même plusieurs mois après le lancement. Les données et les outils sont de toutes façon ouverts et disponibles à toute personne qui souhaite s’inscrire.
De plus, les wikimédiens ne seront pas dépaysés puisque nous demandons aux équipes de travailler et de créer leur rendu final sur le wiki d’Epidemium, plateforme qui facilite vraiment le travail collaboratif et ouvert.
N’hésitez pas à prendre part au projet Epidemium ! Retrouvez les aussi sur Facebook et sur Twitter.
